Τα μικρά νησιά συγκαταλέγονται μεταξύ των ευαίσθητων οικοσυστημάτων τα οποία χρήζουν ιδιαίτερης προστασίας, δυνάμει της συνταγματικής επιταγής του άρθρου 24 του Συντάγματος περί προστασίας του φυσικού περιβάλλοντος. Ουσιώδες μέρος της προστασίας αυτής είναι τα ειδικά χωροταξικά σχέδια τα οποία πρέπει να διασφαλίζουν την επιβίωση αμείωτου του φυσικού κεφαλαίου και των οικοσυστημάτων του νησιού και να προβλέπουν μόνο τις μορφές ανάπτυξης που είναι συμβατές με τον παραπάνω σκοπό, ώστε να υλοποιείται η συνταγματική επιταγή προστασίας τους και η πολιτική της βιώσιμης ανάπτυξης (ΣτΕ ΠΕ 16/96).
Μεταξύ των θεμελιωδών νομικών κανόνων προστασίας των μικρών νησιών που διέπουν τα ειδικά χωροταξικά σχέδια αυτών είναι:
- η οριοθεσία και αυστηρή προστασία του διαφυλακτέου φυσικού και πολιτιστικού κεφαλαίου τους
- η οριοθεσία και διαφύλαξη της γεωργικής γης με όριο κατάτμησής της όχι κατώτερο των 15 στρεμμάτων
- η ήπια οικιστική ανάπτυξή τους
- η ήπια τουριστική ανάπτυξή τους που εξειδικεύεται στην πρόβλεψη του αναλογούντος, κατά περίπτωση, στο μέγεθος και στις λοιπές συνθήκες κάθε νησιού, αριθμού τουριστικών κλινών, στην πρόβλεψη οικοτουρισμού ή αγροτουρισμού σε ενδεδειγμένες περιοχές και στην απαγόρευση εγκατάστασης μεγάλων ξενοδοχειακών μονάδων που δεν συμβιβάζονται με την κλίμακα του νησιωτικού τοπίου.
Η Απάνω Μεριά Σύρου (χαρακτηρισμένη περιοχή Natura 2000 σήμερα)είναι ένας αδιάσπαστος βιότοπος, ο οποίος ανήκει εξ ολοκλήρου στο διαφυλακτέο φυσικό κεφάλαιο της νήσου Σύρου και πρέπει οριοθετούμενη να έχει ιδιαίτερο καθεστώς προστασίας. Στο καθεστώς αυτό ουδεμία εξαίρεση κατά τόπον ή χρόνον επιτρέπεται, διότι θα αποτελέσει την απαρχήν βεβαίας υποβαθμίσεως και καταστροφής του βιοτόπου.
(Απόφαση του ΣτΕ για την διάνοιξη δρόμου Κίνι-Δελφίνι, αριθμ. 2425/2000. Η απόφαση δημοσιεύτηκε στις 17/7/2000)