Τα νησιά του συμπλέγματος των Κυκλάδων σηματοδοτούν λόγω θέσης και ιστορικής παρουσίας, την αυγή του ελληνικού πολιτισμού. Οι ιδιαίτερα ευνοϊκές συνθήκες του αιγαιακού χώρου, οι κλιματολογικές συνθήκες, οι ανοιχτοί ορίζοντες, οι δυνατότητες συγκοινωνιακής προσπέλασης των νησιών, άλλαξαν σταδιακά τη νοοτροπία των πρώτων αποίκων, οι οποίοι από βοσκοί και γεωργοί μεταβλήθηκαν σε ναυτικούς και τεχνίτες, εμπόρους και καλλιτέχνες. Η ονομασία Κυκλάδες είναι γνωστή από την αρχαιότητα από πολλούς αρχαίους συγγραφείς όπως ο Ηρόδοτος, ο Θουκυδίδης, ο Στράβωνας, ο Καλλίμαχος κ.ά. και δόθηκε στα νησιά επειδή σχημάτιζαν έναν κύκλο γύρω από το ιερό νησί της ελληνικής αρχαιότητας, τη Δήλο (ομηρική Ορτυγία). Σύμφωνα με την παράδοση πρώτοι κάτοικοι των Κυκλάδων ήταν οι Κάρες, οι Λέλεγες και οι Φοίνικες. Η αρχαιότερη εγκατάσταση ανθρώπων στις Κυκλάδες ανάγεται στο 9000 π.Χ., όπως δείχνουν τα ίχνη μεσολιθικού οικισμού με λείψανα κατοικιών και υπαίθριων ταφών που ανακαλύφθηκαν στην περιοχή Μαρουλάς της Κύθνου.
Ο οψιδιανός της Μήλου που βρέθηκε στο σπήλαιο Φράγχθι της Ερμιονίδας (ανατολική Πελοπόννησος) μαρτυρά την οργανωμένη παρουσία του ανθρώπου στις Κυκλάδες κατά την 8η χιλιετία π.Χ.
Στο Σάλιαγκο, μικρή νησίδα ανάμεσα στην Αντίπαρο και την Πάρο, ο οικισμός που βρέθηκε παρουσιάζει έναν ιδιόμορφο νησιωτικό πολιτισμό της νεότερης νεολιθικής εποχής (περίπου 4300-3900 π.Χ.) με ευρήματα πολύ μεγάλης σημασίας.
Στην Άνδρο, στο οροπέδιο Στρόφιλα, εντοπίστηκε οικισμός της 4ης χιλιετίας π.Χ. -ο μεγαλύτερος νεολιθικός οικισμός του Αιγαίου- όπου ανακαλύφθηκαν οι παλαιότερες στην Ελλάδα βραχογραφίες.
Από τα τέλη της 4ης χιλιετίας π.Χ. και κατά τη διάρκεια της 3ης, παράλληλα με τον Πρωτομινωϊκό Πολιτισμό της Κρήτης και τον Πρωτοελλαδικό της ηπειρωτικής Ελλάδας, με αφετηρία την Κέα (οικισμός Κεφάλα, 3300-3200 π.Χ.) αναπτύχθηκε στις Κυκλάδες ένας πολιτισμός με ιδιαίτερα χαρακτηριστικά, ο Κυκλαδικός Πολιτισμός, που άφησε παγκοσμίως ανεπανάληπτα καλλιτεχνικά δείγματα, με ξεχωριστά ανάμεσά τους τα περίφημα κυκλαδικά ειδώλια. Ο πολιτισμός αυτός αναπτύχθηκε σε μικρές ανεξάρτητες κοινότητες δεμένες με τη θάλασσα, καθώς τα νησιά αφενός δεν διέθεταν μεγάλες καλλιεργήσιμες εκτάσεις και αφετέρου βρίσκονταν στο σταυροδρόμι των θαλάσσιων δρόμων ανάμεσα στη Μικρά Ασία, την Ελλάδα και την Κρήτη. Τα κυκλαδίτικα καράβια όργωναν τις θάλασσες και έρχονταν σε επαφή με τις γύρω από το Αιγαίο περιοχές, ανταλλάσσοντας μαζί τους προϊόντα αλλά και πολιτιστικά στοιχεία. Ο Κυκλαδικός Πολιτισμός, που κάλυψε όλη την εποχή του χαλκού (3200-1100 π.Χ.), διαιρείται σε τρεις μεγάλες περιόδους:
Πρωτοκυκλαδική περίοδος, 3200-2000 π.Χ.
Μεσοκυκλαδική περίοδος, 2000-1650 π.Χ.
Υστεροκυκλαδική περίοδος, 1650-1100 π.Χ.
Ξύλινο μοντέλο που αναπαριστά τον φρουριακό οικισμό Καστρί στο νησί της Σύρου σε κλίμακα 1: 200. Οι πολύ καλά οχυρωμένοι οικισμοί αυτού του τύπου χτισμένοι στις κορυφές των λόφων υπήρξαν τυπικό δείγμα για τον πολιτισμό των Κυκλάδων στο τέλος της ακμής του γύρω στο 2300 π. Χ. (Πρωτοκυκλαδική II / III). Πηγή: Badisches Landesmuseum Karlsruhe / κατασκευή μοντέλου: Bernhard Steinmann 2011
Στην πρώτη φάση, την Πρωτοκυκλαδική, τα σπίτια χτίζονταν πάνω σε χαμηλούς λόφους για να προστατεύονται από τις πλημμύρες και τους εχθρούς, αραιά και χωρίς τείχη, και οι κάτοικοι ασχολούνταν με το ψάρεμα και την πειρατεία. Στη δεύτερη φάση, η απάντηση της μινωικής Κρήτης στις πειρατικές επιδρομές των Κυκλαδιτών τούς αφαίρεσε τον έλεγχο των θαλασσών και τους ανάγκασε να αποσυρθούν στο εσωτερικό των νησιών, σε οχυρωμένους λόφους που προστατεύονταν από τείχη. Τα σπίτια χτίζονταν το ένα κοντά στο άλλο και μόνο μικροί διάδρομοι αφήνονταν μεταξύ τους (Καστρί και Χαλανδριανή Σύρου, Άγιος Ανδρέας Σίφνου, Πάνορμος Νάξου, Δήλος). Στην τρίτη φάση είναι καταφανής η επικυριαρχία της μινωικής Κρήτης: όλοι σχεδόν οι οικισμοί, εκτός από αυτούς που βρίσκονταν σε μεγάλα νησιά με εύφορη ενδοχώρα, ήταν πάλι παραθαλάσσιοι και ανοχύρωτοι (Μήλος, Πάρος, Αμοργός, Θήρα) αποτελώντας πρόσφορα λιμάνια για το κρητικό εμπόριο.
Τα σπίτια των Κυκλαδιτών ήταν μικρά (με ένα ή δύο δωμάτια), χωρίς εστία, και οι στέγες τους ήταν ελαφρές, φτιαγμένες από κλαδιά, καλάμια και πατημένο πηλό. Το σχέδιο των σπιτιών προσαρμοζόταν στο χώρο που διέθεταν και έτσι ήταν άλλοτε ευθύγραμμα και άλλοτε καμπυλόγραμμα. Γύρω από τους οικισμούς χτίστηκαν τα τείχη και στις πλαγιές των κοντινών λόφων ήταν τα νεκροταφεία.
Μνημειακή τέχνη δεν ανέπτυξαν οι Κυκλαδίτες, αλλά την καλλιτεχνική τους δραστηριότητα την βλέπουμε κυρίως στο πλήθος των μικρών έργων τέχνης που βρέθηκαν στους οικισμούς και στα νεκροταφεία (κτερίσματα): «τηγανοειδή» σκεύη που ακόμα δεν έχουν βρει ικανοποιητική ερμηνεία (Χαλανδριανή Σύρου), «σαλτσιέρες», σκεύη από λευκό μάρμαρο, ζωόμορφα αγγεία. Οι Κυκλαδίτες διέπρεψαν στη μεταλλοτεχνία και τη μικροτεχνία (εργαλεία, ασημένιες περόνες, διαδήματα, περιδέραια). Όμως το κυριότερο δημιούργημα του Πρωτοκυκλαδικού Πολιτισμού είναι τα θαυμάσια μαρμάρινα ειδώλια, που η παραγωγή τους συνεχίστηκε χωρίς διακοπή ολόκληρη την τρίτη χιλιετία π.Χ. Στην αρχή απλοϊκά και σχηματικά, κατέληξαν σε υπέροχες πλαστικές δημιουργίες όπου αποδίδονται λεπτομέρειες του σώματος και χαρακτηριστικά του προσώπου. Τα περισσότερα παρουσιάζουν γυναικείες μορφές, μερικές φορές σε κατάσταση εγκυμοσύνης, μετωπικά και μόνο σε δύο διαστάσεις. Αργότερα, όταν οι τεχνίτες είχαν πια υποτάξει το υλικό τους και κινούνταν στις τρεις διαστάσεις του χώρου, έχουμε συμπλέγματα και εκπληκτικές δημιουργίες όπως τα περίφημα αγαλματίδια-σύμβολα του Πρωτοκυκλαδικού Πολιτισμού «Αρπιστής» και «Αυλητής» που ανακαλύφθηκαν στην Κέρο.
Κατά την επόμενη περίοδο του Κυκλαδικού Πολιτισμού, τη Μεσοκυκλαδική (2000-1650 π.Χ.), οι Κυκλάδες συνέχισαν να επηρεάζονται από τη μινωική θαλασσοκρατορία. Η έντονη αυτή επίδραση είναι εμφανέστατη στη Θήρα, όπου χτίστηκαν πολυώροφα σπίτια, στολισμένα με εκπληκτικές τοιχογραφίες (Ακρωτήρι). Οι οικισμοί συνεχίζουν να είναι παραθαλάσσιοι (Μήλος-Φυλακωπή ΙΙ, Πάρος-Παροικιά, Κέα-Αγία Ειρήνη, Θήρα, Θηρασιά, Δήλος, Τήνος, Σύρος, Σίφνος, Αμοργός), εξυπηρετώντας το εμπόριο μεταξύ της Κρήτης και της υπόλοιπης Ελλάδας. Η περίοδος αυτή, αφού έδωσε καλλιτεχνικά δημιουργήματα απαράμιλλης αξίας, διακόπηκε βίαια από την καταστροφική έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας γύρω στο 1650 π.Χ.
Κατά την Υστεροκυκλαδική περίοδο (1650-1100 π.Χ.) έχουμε την αιφνίδια εξαφάνιση του Μινωικού Πολιτισμού (τέλη του 16ου αιώνα), ίσως σαν επακόλουθο της έκρηξης του ηφαιστείου της Θήρας, οπότε την κρητική επικράτηση διαδέχτηκε η μυκηναϊκή. Οι πρώτοι μυκηναϊκοί εμπορικοί σταθμοί στις Κυκλάδες εμφανίστηκαν πριν το τέλος του 15ου π.Χ. αιώνα και στις αρχές του 14ου είχαν πλέον εξαπλωθεί στη Νάξο, τη Δήλο, την Κύθνο, τη Σέριφο, τη Μήλο (Φυλακωπή ΙΙΙ). Τρεις αιώνες αργότερα, η παρακμή του μυκηναϊκού κόσμου είχε τον αντίκτυπό της και στις Κυκλάδες και λίγο μετά το 1100 π.Χ. εγκαταλείφθηκαν και οι τελευταίες μυκηναϊκές ακροπόλεις.
Η μελέτη του Κυκλαδικού Πολιτισμού άρχισε τις τελευταίες δεκαετίες του 19ου αιώνα και οφείλεται κατά μεγάλο μέρος στον αρχαιολόγο Χ. Τσούντα, που ανάσκαψε πολλά κυκλαδικά νεκροταφεία στη Σύρο, Πάρο, Αντίπαρο, Σίφνο κ.ά.